贾湖遗址博物馆是建筑设计师从贾湖遗址发掘遗迹中汲取灵感设计的，由半地穴式房屋、灰坑等圆形遗迹，结合遗址发掘探方的方形造型，连接组合成一个非常具有史前遗址特色的建筑，从俯视的角度来看更像是迸溅开的水滴，寓意“文明如水，润物无声”。

贾湖遗址博物馆陈列展区采取“1+4”模式，精心设置“礼乐之源”——贾湖文化主题陈列主题展区和“贾湖探秘”“骨笛”“龟甲与符号”“墓葬与葬礼”四个专题厅，深入挖掘贾湖文化内涵，全方位展现贾湖文化的强大魅力。“礼乐之源”——贾湖文化主题陈列又分为六个单元展厅，分别是“远古探秘，寻梦贾湖”“理想家园，聚居千年”“渔猎采集，谋生之始”“农耕畜牧，人化自然”“技艺荟萃，匠心造物”“智慧之光，礼乐滥觞”。